ФНС разрешила компаниям-продавцам хранить счет-фактуру в электронном виде, даже если он выставлен на бумаге (Письмо ФНС России от 06.09.2017 N СД-4-3/17731@). При этом документ надо заверить усиленной квалифицированной подписью руководителя или иного уполномоченного лица. Если счет-фактуру надо распечатать, то руководитель должен заверить достоверность электронной подписи.
Данный подход согласован с Минфином.
О том, сколько надо хранить счет-фактуры продавцу и покупателю, читайте в Типовой ситуации: Каков срок хранения счетов-фактур? (Издательство «Главная книга», 2017) {КонсультантПлюс}