Расходы организации по компенсации за счет собственных средств материального ущерба от недостач, допущенных по вине работника, не облагаются НДФЛ и страховыми взносами. Минфин России пояснил, что прощеная работнику сумма ущерба не является его доходом.
Как оформить отказ от взыскания ущерба с материально ответственного работника читайте в Путеводителе по кадровым вопросам. Материальная ответственность работника.